ماده 40ـ عوارض و جریمه‌های آلایندگی موضوع ماده (27) این قانون پس از واریز به حساب تمرکز وجوه اداره کل امور مالیاتی استان برای هر شهرستان به نسبت جمعیت بین شهرداری‌ها، دهیاری‌ها و فرمانداری‌های (سهم روستاهای فاقد دهیاری و مناطق عشایری) همان شهرستان توزیع می‌گردد. در صورتی که آلودگی واحدهای بزرگ تولیدی (پنجاه نفر و بیشتر) به بیش از یک شهرستان در یک استان سرایت کند، عوارض آلایندگی هر شهرستان به نسبت جمعیت، اثر‌پذیری و فاصله از واحد آلاینده، در کمیته‌ای مرکب از رئیس سازمان برنامه و بودجه استان و فرمانداران شهرستان‌های ذی‌ربط، مدیرکل محیط زیست و مدیرکل امور مالیاتی استان بین شهرستان‌های متأثر توزیع می‌شود.
تبصره 1ـ در صورتی که شهرستان‌های متأثر از آلودگی در دو یا چند استان واقع شده باشند، اعضای کمیته توزیع‌کننده عوارض آلودگی واحدهای بزرگ (پنجاه نفر و بیشتر) متشکل از نماینده سازمان برنامه و بودجه کشور، روسای سازمان‌های مدیریت و برنامه‌ریزی استان‌های ذی‌ربط، نماینده سازمان حفاظت محیط زیست و نماینده ادارات کل امور مالیاتی استان‌های مربوطه براساس سیاست‌های اعلامی سازمان برنامه و بودجه کشور اقدام به توزیع عوارض آلایندگی می‌کنند.
تبصره 2ـ عوارض و جریمه‌های آلایندگی در مناطق آزاد تجاری‌ـ صنعتی و ویژه اقتصادی در مواردی که شهرداری و یا دهیاری در مناطق مذکور مستقر نمی‌باشد، حسب مورد به حساب منطقه آزاد تجاری‌ـ صنعتی و یا ویژه اقتصادی مربوط واریز می‌گردد.